15 Jahre nach dem erbitterten Kampf mit Boo, 5 Jahre nach dem Ende von Dragonball Z setzt Dragonball GT an. Prinz Pilaw, bekannt aus der ersten Staffel von Dragonball, sucht in Dendes Palast nach den „Super Dragonballs“. Als er dann auf Son-Goku trifft, wünscht er sich stattdessen, Son-Goku möge so klein wie er werden, da er ihn dann besiegen und vor aller Welt demütigen könnte. Der Wunsch wird gewährt und Son Goku wird zu einem kleinen Kind geschrumpft.

Von Meister Kaio erfährt Goku, dass die Erde zerstört wird, wenn die im Universum zerstreuten Dragonballs in einem Jahr nicht wieder beisammen auf der Erde sind. So machen sich Son Goku, Trunks und Pan, an deren Stelle eigentlich Son Goten hätte mit fliegen sollen auf die Suche nach den Dragonballs und stoßen auf neue Gegner und Herausforderungen.

Neu hinzugekommen ist die Stufe Super-Saiyajin 4, die Son Goku erreicht, als er gegen den ersten größeren Gegner namens Baby kämpft. Gegen Ende der Serie erreicht auch Vegeta diese Stufe dank des Burutsuwellen-Generators, einer technischen Erfindung Bulmas.

Später fusionieren C17 und Hellfighter (in Deutscher Version: Nummer 17) zur Super Nummer 17. Dieser zerstört einen Großteil der Erde, doch dann wird er von Son-Goku und C18 besiegt. Schließlich gilt es noch die sieben Teufelsdrachen zu besiegen, die aus der negativen Energie der Dragonballs entstanden sind.

Son-Goku und Vegeta fusionieren sogar als Super-Saijayins 4 zu Super Gogeta. In dieser Form ist er selbst Syn Shenlong überlegen und spielt teilweise nur mit ihm. Leider gelingt es ihnen nur für 10 Minuten, die Fusion zu halten. Super Gogeta verwandelt sogar eine riesige Energiekugel aus negativer Energie mit nur einem Kick in positive Energie um. Er kann den letzten Drachen, Syn Shenlong, jedoch nicht besiegen, da er nur für ein paar Minuten in dieser Form bleiben kann, ehe er sich zurück verwandelt. Dies geschieht dummerweise genau dann, als er zum vernichtenden 100x Urknall-Kamehame-Ha ausholt.

Schließlich gelingt es Son Goku mit seiner letzten Kraft und der Hilfe aller Wesen im Universum eine riesige Genkidama zu erschaffen (Universe Genkidama). Mit dieser vernichtet er Super Syn-Shenlong und rettet somit das Universum. Nach dem Kampf erscheint Shenlong (der göttliche Drache), um Son Goku auf eine Reise mitzunehmen, von der Keiner weiß, wohin sie geht. Fest steht nur, dass Son Goku mit Shenlong verschmilzt und auf eine weite Reise geht. Vorher verabschiedet er sich jedoch noch von all seinen Freunden, bevor Dragonball GT endet.

Son Goku erscheint am Ende der letzten Folge noch einmal um seinem Ururenkel Son Goku Junior bei seinem Budokai-Tenkaichi-Turnierkampf gegen den Erben Vegetas beizuwohnen. Auch im Dragonball GT TV Special Dragonball GT – The Movie: Son-Goku Jr. erscheint er noch einmal kurz. Son Goku scheint jedoch selbst nach 100 Jahren nach dem Ende der letzten GT-Folge noch am Leben zu sein, da er keinen Heiligenschein über seinem Kopf hat wie in anderen Dragonball-Folgen. Anscheinend hat Goku nach der Fusion mit Shenlong ewiges Leben erlangt, vermutlich um wie Shenlong ewig über das Heil des Universums zu wachen.