Der japanische Schüler Yugi Muto erhält ein dreidimensionales, altes, ägyptisches Puzzle, das bislang niemand zusammensetzen konnte, und versucht, es zu lösen. Dies verändert sein ganzes Leben, denn als er das „Millenniumspuzzle“ zusammensetzt, weckt er den Geist eines alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde und mit dem er nun einen Körper teilt. Mit Hilfe des Kartenspiels Duel Monsters versuchen Yugi und Yami, wie der Pharao angesprochen werden möchte, das verlorene Gedächtnis des Pharaos wiederherzustellen.

Viele böse Mächte sind hinter dem Millenniumspuzzle und seiner Macht her, doch gemeinsam mit seinen Freunden Joey Wheeler, Téa Gardner und Tristan Taylor stellt er sich ihnen entgegen.